Cuenta con dos salas permanentes; una dedicada al Agua y otra al Cambio climático. La sala de Agua fue desarrollada por investigadores de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos y se encuentra dividida en seis secciones:

Características Físico-químicas de la molécula del agua
Distribución del agua en el planeta
Distribución del agua en México
Agua en 
Biodiversidad acuática de 
Cultura del agua 

La Sala del Cambio climático fue desarrollada en colaboración con el Centro Mario Molina para Estudios Estratégicos sobre Energía y Medio Ambiente, A.C. y cuenta con tres secciones completamente interactivas que tratan los temas titulados: 

Nuestra casa, El clima está cambiando y ¿Qué podemos hacer?